労働基準法の賃金支払の原則によれば、賃金はその全額を支払わなければならないと定められており、社会保険料や税金など法令で定められた控除や、労使協定で定められた控除以外のものは控除することができません。

 ご質問のケースでは、会社が従業員に対し債権(損害賠償請求権)を有していることは事実ですが、会社側が一方的に賃金から控除することは出来ません。この点については過去の判例でも「労働者の賃金債権に対しては、使用者は労働者に対して有する債権をもって相殺することは許されない。このことは、その債権が不法行為を原因としたものであっても変わりはない」と示されています(日本勧業経済会事件)。
ただし、これは賃金と相殺することは許されないということであり、実際に生じた損害について損害賠償請求することは禁止されていない為、賃金を全額支払った後に別途、修理代金を請求することは可能です。
また、労働者の同意に基づくと認められる合理的な理由が客観的に存在すれば賃金との相殺は認められるとした判例もあります(日新製鋼事件)。

こういう場合には本人の同意があった旨の証明として、書面に残しておくことが必要です。また、同意をとる際にも威圧的な態度で同意を無理強いすることのないように注意する必要があります。