裁量労働制ならば残業代を支払わなくてよい、ということにはなりません。

裁量労働制は、労使協定で定めた時間を労働したと「みなす」制度であり、例えば1日9時間と定めたのであれば、法定労働時間である1週間に40時間・1日に8時間を超えた分(1時間)は時間外手当を支払うことになります。個人の裁量で自由な時間帯で働くということではありませんのでご注意ください。

したがって1日9時間と協定した場合には、それ以上労働した場合もそれ以下の場合も9時間の労働とみなし、1時間分は時間外手当を支払うことになります。また、裁量労働制においても「深夜労働」「休日労働」「休憩」に関する規定の適用は除外されませんので、休日勤務や深夜勤務をした場合にもそれぞれ手当を支払う必要があります。

デザイナーの業務であれば「専門業務型」の裁量労働制に該当しますが、導入においては労使協定の届出など労基法に沿った手続きが必要になります。人のいない休日に落ち着いて仕事をしたいから平日は勤務しない、というようなことが起こると、公平な働き方で給与を支給できなくなりますので、休日や深夜の勤務は上司の事前承認を得ることを労使協定等で定めることや、そもそも労働時間として妥当なみなし時間を何時間と定めるか、など慎重に進める必要があります。

専門業務型裁量労働制(厚生労働省)
http://www.mhlw.go.jp/general/seido/roudou/senmon/index.html