就業規則上の資格手当支給条件をよく確認してみましょう。

資格手当というのは一般的によく使われる手当ですが、細かい部分を決めておかなければ案外細かい部分でトラブルになるものです。
手当支給の対象となる資格の種類や部署を明らかにしておくことはもちろん、今回のように部署異動になった場合の取り扱いについても定めておけば安心です。

今回のケースにおいて、就業規則上の資格手当に関するルールが無いまま支給停止することになれば、突然の業務変更のうえ資格取得の為の努力やそれにかかった費用のことを考えると、当然のことながら心情的には穏やかではないでしょう。
その場合期間を限定して調整手当等を支給することで対応してみてはいかがでしょうか。但し調整手当というものの位置づけも就業規則上で明確にしておくことが重要です。