国内勤務期間分に対応する金額に対して源泉徴収の必要があります。
 
非居住者となった労働者に支払われる(計算期間が1ヶ月を超える)賞与等の計算期間内に国内勤務期間が含まれている場合、20.42%の税率で源泉徴収をしなければなりません。
 
例えば今回のケースで、
@200,000円の賞与を支給
A計算対象期間及び対する支給合計
平成27年10月1日〜12月31日:100,000円
平成28年 1月1日〜 3 月31日:100,000円
という内容である場合、国内勤務期間である平成27年10月1日〜12月31日分の支給合計である100,000円に20.42%の税率を掛けて所得税を算出する必要があります。

なお、給与(計算期間が1ヶ月以下のもの)に関しては、計算期間のうちに日本での勤務期間が含まれていても日本の所得税及び復興特別所得税はかかりませんのでご注意下さい。

平成28年4月5日