住民税に影響しますので、市町村の担当窓口へ連絡してください。

16歳未満の年少扶養親族は、所得税の扶養控除の対象外なので年末調整の結果には影響しません。しかし、住民税は、前年12月31日時点での16歳未満の年少扶養親族の人数を用いて決定しますので、市町村へ扶養親族の申告の訂正を連絡する必要があります。
  
市町村へは、訂正後の正しい給与支払報告書を【訂正分】と分かるように提出してください。(市町村ごとに訂正方法が異なる場合がございますので、あらかじめ担当窓口へご確認ください。