欠勤日数をカウントする際、8月1日から9月1日まで就労しなかった場合、「欠勤32とすべきか」、それとも「その間の所定休日数を減じた26(前後)とすべきか」、と言う問題が出てくるかと思います。貴社就業規則においては「私傷病による欠勤が30日経過」とありますので、これは「連続して就労しなかった日が30日」と解釈するのが妥当です。なぜならば、その30日の期間中も入院しているため就労可能では無いからです。

とはいえ、このような解釈の違いを無くすためにまずは貴社就業規則において欠勤日数カウントのルールが明記されてあるかを確認されるとよいかと思います。もしなければ就業規則の文中において欠勤日数をカウントする際、「所定休日数も含む」というような文言を追記するよう変更されることをおすすめいたします。

ちなみに「休職期間中に有給休暇を使えないか」という申し出もしばしば見受けられます。会社が就業規則に基づき発した「休職命令」は、その休職命令が不当なものでない限り正当な「就労義務免除」の一種であり、有給休暇は就労義務のある日の就労を免除されて、かつ賃金相当額を受けられるものです。ですので、就労義務のない日を労働者は有休と指定することはできません。

たとえば、毎週土曜・日曜を所定休日としている会社において、労働者が「次の土曜・日曜に有休を利用します。その2日分の賃金相当額を支給してください」といった場合、それに関しては拒否できます。当然、拒否した結果、有休残日数は変わらず、それに応ずる賃金相当額は支払われません。このことは、厚生労働省の通達でも明示されています。