業務時間外に許可なく会社の車を運転したということで、会社側に責任は無く、本人に修理代を負担させることは可能です。

ただし、自動車の所有者(会社)は、その車両の運行管理を行うにあたり損害賠償責任を負うものとされており、何かしらの第三者に対する加害行為があった場合、業務時間外に無断使用されたとしても、会社に事実上の運行管理責任があれば、使用者としての責任があるものとして損害賠償を求められます。

例えば、決められた場所に保管していた車のキーを社員が無断で持ち出して使用した時、会社の責任が肯定される一つの要因です。会社として社有車の使用規則を定める等して業務時間外の使用を一切禁止し、ルールを周知しておくことが重要となります。