有給休暇を無効とすることはできません。

年次有給休暇は労働者の当然の権利であり、その利用目的により拒否することはできません。過去の判例においても「年次有給休暇の利用目的は労働基準法の関知しないところであり、休暇をどのように利用するかは、使用者の干渉を許さない労働者の自由である」との見解が示されています。

したがって、有給休暇の申請理由が虚偽であることをもって年次有給休暇を無効とし、欠勤扱いにすることはできません。